
La vicenda della chiesa si intreccia profondamente con quella dell'ordine dei Templari. San Bevignate, definito "il santo misterioso di Perugia", fu un eremita locale, della cui esistenza non si hanno prove certe, che catalizzò un complesso intreccio di fatti religiosi e civili sviluppatisi a Perugia intorno alla metà del Duecento. Il culto di San Bevignate culminava nel 1453 con una cosiddetta canonizzazione laica effettuata da parte di autorità politiche del tempo anche per andare incontro alle sempre più pressanti richieste della cittadinanza perugina che richiedeva a gran voce la santificazione del misterioso eremita e celebrarne così la festa il 14 maggio. Bevignate è protagonista della Lezenda bolognese di Fra Raniero Fasani all'interno della quale è riconosciuto come colui il quale introdusse a Perugia le processioni penitenziali, dette generalis devotio, dei Flagellanti e dei Disciplinati. Tali riti si diffusero presto nell'intera Italia centro-settentrionale e nella città di Roma. La stessa costruzione del tempio è frutto di varie componenti:
